海淀区科学技术委员会的前身是海淀区科技办公室，1965年成立，副区长柳绍栋兼任主任，
在区农业局办公。1966年以后，受“文化大革命”干扰，科技办公室工作中断。1974年恢复海淀区科技办公室机构及工作，隶属区革委会计划组。主要干部张桂云、王增祥、沈清渔，负责农业、工业科技工作。
根据市委京发(1977)155号文件精神，海淀区委经研究决定，1978年6月30日发文，成立海淀区科学技术委员会，杜长友任副主任，1979年张玉琴任主任。1979年10月成立海淀区科学技术协会，与区科委一套班子，两块牌子，总编制13人。以工作分摊，科协工作主要是管理协会、学会；科委工作主要是农业科学技术的试验与推广，重点组织中国农业科学院、北京农科院、北京农业大学科技成果在海淀区的推广应用。
1985年2月经海淀区人事局批准，区科委、科协设6个科室：科委办公室、工业科技科、农业科技科、科技干部管理科、科技情报室、科协办公室。1985年5月科委、科协分开为两个独立部门，区科委定编15人。1987年9月区科委增设机构科，内部实行机构科、海淀区专利事务所、海淀区技术合同登记处三块牌子一套人马。1989年1月区科委科室调整，工业科技科、农业科技科合并为农村科技科，取销情报室成立综合计划科。1989年5月增设技术市场科。
1994年12月按市委、市政府批准的《海淀区党政机构改革方案》，海淀区经济协作办公室并入科委，对内一套班子，对外两块牌子，科委主任周汉安兼任经协办主任。
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